Una función de la microbiota en nuestro organismo mejor descrita y relevante, es la que se correlaciona con fenómenos de protección. De manera coloquial, podríamos concebir a la microbiota como un ejército que nos defiende de cualquier sustancia o microorganismos "extraño o dañino" que pudiera causarnos alguna enfermedad. Dicho ejército es conocido como sistema inmune. Además, algunos microorganismos miembros de la microbiota, producen sustancias tales como vitamina, aminoácidos y ácidos grasos de cadena corta, que nos proveen de todos esos nutrientes que no consumimos con nuestra dieta y son indispensables para gozar de buena salud.
